gene

Esta colección representa al objeto Gene dentro de la regulación transcripcional de un organismo. Un gen representa un segmento corto de ADN, y tiene como objetivo desempeñar una función especial. Posee una serie de propiedades que permiten identificarlo y diferenciarlo de otros, así como de características que permiten establecer relaciones con otros objetos.

Propiedades

_id

  • bsonType: string
  • URI PRO: NA
  • Synonyms: identifier
  • Description: Este campo tiene como función identificar a un gen en particular, el cual puede ser utilizado para hacer búsquedas y relaciones con otros campos.
  • Required: si
  • URI [values]: NA
  • Example:
 RDBECOLIGN00001
  • Comments: Para conocer más detalle sobre la definición de los identificadores, consultar la sección: Identificadores en el manual de RegulonDB.

name

  • bsonType: string
  • URI PRO: string
  • Synonyms: NA
  • Description: Indica el nombre oficial de un gen.
  • Required: no
  • URI [values]: NA
  • Example:
 araC
  • Comments: En algunos casos habrá genes que no tengan un nombre asociado por lo que este campo pudiera presentarse vacío.

bnumber

  • bsonType: string
  • URI PRO: string
  • Synonyms: identifier
  • Description: Este campo tiene como función identificar de forma alterna a un gen. Los valores de este campo son tomados de fuentes externas a RegulonDB.
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 b0064
  • Comments: NA

leftEndPosition

  • bsonType: int
  • URI PRO: string
  • Synonyms: genome left position
  • Description: Indica la posición izquierda del objeto Gen.
  • Required: no
  • URI [values]: NA
  • Example:
 70387
  • Comments: NA

rightEndPosition

  • bsonType: int
  • URI PRO: string
  • Synonyms: genome right position
  • Description: Indica la posición derecha del objeto Gen.
  • Required: no
  • URI [values]: NA
  • Example:
 71265
  • Comments: NA

fragments

  • bsonType: array
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: Indica que un gene está conformado por múltiples segmentos. Las características de estos genes son definidas por medio de un objeto con las propiedades: strand, leftEndPosition, rightEndPosition, name, bnumber, synonyms, centisomePosition y evidenceReferences.
  • Required: no
  • URI [values]: NA
  • Example:
 ["forward", 70387, 71265, "araC", bnumber, ["b0064","ECK0065","EG10054"],1.5164213,[{"publication_id": "GID000027564"},{"publication_id": "GID000027564","evidence_id": "GID000000006"}]]
  • Comments: Para el caso de genes fragmentados las propiedades obligatorias son: strand, leftEndPosition y rightEndPosition

strand

  • bsonType: string
  • URI PRO: string
  • Synonyms: direction
  • Description: Indica la orientación del Gene.
  • Required: no
  • URI [values]: forward, reverse
  • Example:
 forward
  • Comments: string

sequence

  • bsonType: string
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: Indica la sequencia de ADN del Gen.
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 ATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATTCTCAATCTCACCATTCGCGGTCAGGGGGTGGTGAAAAATCAGGGACGAGAATTTGTCTGCCGACCGGGTGATATTTTGCTGTTCCCGCCAGGAGAGATTCATCACTACGGTCGTCATCCGGAGGCTCGCGAATGGTATCACCAGTGGGTTTACTTTCGTCCGCGCGCCTACTGGCATGAATGGCTTAACTGGCCGTCAATATTTGCCAATACGGGTTTCTTTCGCCCGGATGAAGCGCACCAGCCGCATTTCAGCGACCTGTTTGGGCAAATCATTAACGCCGGGCAAGGGGAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAA
  • Comments: string

gcContent

  • bsonType: double
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: Representa el porcentaje de pares de Guanina-Citosina en la secuencia de ADN del Gen.
  • Required: si
  • URI [values]: NA
  • Example:
 52.56
  • Comments: NA

note

  • bsonType: string
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: string
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 The expression of the gene is analyzed through a transcriptional fusion (i.e. lacZ), and  a difference in expression levels is observed when the regulatory protein is present  (wild type) vs in its absence.  Note that this evidence does not eliminate the possiblity of an indirect effect of the regulator on the regulated gene.
  • Comments: string

internalComment

  • bsonType: string
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: string
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 string
  • Comments: string

organism_id

  • bsonType: string
  • URI PRO: string
  • Synonyms: organism identifier
  • Description: Indica el identificador del organismo estudiado.
  • Required: si
  • URI [values]: string
  • Example:
 ECK12
  • Comments: string

type

  • bsonType: string
  • URI PRO: string
  • Synonyms: kind
  • Description: Indica el tipo de gene anotado.
  • Required: si
  • URI [values]: pseudo, phantom, gene, truncated
  • Example:
 phantom
  • Comments: string

centisomePosition

  • bsonType: double
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: Indica la posición central del gene en el cromosoma
  • Required: si
  • URI [values]: string
  • Example:
 1.5164213
  • Comments: string

interrupted

  • bsonType: bool
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: string
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 false
  • Comments: string

multifunDirectParents

  • bsonType: array
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: Descripción de las funciones celulares del producto del Gene.
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 ["carbon compounds", "Transcription related", "operon", "repressor"]
  • Comments: string

synonyms

  • bsonType: array
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: Indica los identificadores de aquellos genes con los que se le conoce al gene.
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 ["RDBECOLIGN00065", "RDBECOLIGN10054"]
  • Comments: string

evidenceReferences

  • bsonType: array
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: string
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 [{"publication_id": "GID000027564"},{"publication_id": "GID000027564","evidence_id": "GID000000006"}]
  • Comments: string

externalCrossReferences

  • bsonType: array
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: Indica las referencias relacionadas con el Gene. Este campo es de tipo objeto por lo que se encuentra compuesto por dos propiedades: externalCrossReference_id y objectId.
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 [{"externalCrossReference_id":"OU-Microarray","objectId":"b3075"}]
  • Comments: string

product_ids

  • bsonType: array
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: Identificador del producto obtenido de la expresión del Gene.
  • Required: no
  • URI [values]: string
  • Example:
 ["ECK120004526"]
  • Comments: string

schemaVersion

  • bsonType: double
  • URI PRO: string
  • Synonyms: string
  • Description: Permite identificar la versión del esquema de la colección.
  • Required: si
  • URI [values]: string
  • Example:
 1.0
  • Comments: string